人体肠道存有至少500种细菌，借由益菌抑制害菌的繁殖，以维持肠道的正常生态，消化食物，吸收营养。益菌和恶菌交战，谁得胜将决定你健康与否。
但是，病从口入，吃了肮脏的食物，或乱服抗生素等等，都会使肠道内的恶菌发难，造成肠胃细菌生态失衡，而引发肠胃炎、大肠热（伤寒）等疾病。
60%的益菌被排出人体
食物进入食道，经肠胃消化与吸收，最后化为粪便排出体外，当中约40%是消化剩余的食物渣滓，但占更大比重的是益菌，约有60%。
从肠道中的益菌每日的代谢比例，可以想象它在肠道内的雄厚势力。人体的肠道在婴儿初生阶段，并没细菌（包括益菌），但当他开始进食、接触环境和空气，细菌就进入体内，在肠道“落地生根”，逐渐积累。
尽管肠道内的细菌会繁殖，但因落入肠道的益菌会黏附在肠壁上生长，令恶菌无地盘繁殖，所以，在正常肠道内，很少存有恶菌。换句话说，可引起肠胃炎的金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌等等，就算依附在不洁净的食物上进入体内，在肠道释放毒素，在引发腹泻症状后，也可完全排光，不会残留在肠道里。
伤寒病的病因
益菌和恶菌在肠道打仗，如果益菌打赢，恶菌将受抑制而随之排泄掉。但是如果仗打输了，人就会生病，甚至危及生命。例如伤寒病，是经由未煮熟的海鲜、不洁净食物感染伤寒杆菌(Salmonella Typhi)，引起发烧、腹泻的肠道传染病，严重时可致命。
益菌之所以被打败，原因是恶菌太强，例如伤寒杆菌、霍乱等都属于较强的恶菌，进入肠道多会致病；另一个原因是肠道细菌的生态失衡。
一般上，正常人体内的益菌绝对足够，除非是正进行化疗或器官移植的病人，因为服用抗排斥药而影响肠道内的正常菌量。
滥用抗生素扰乱正常生态
另外，滥用抗生素是造成肠道细菌生态失衡的主因，当益菌量减少，就是恶菌开始伺机作怪的时候，最常见的就是腹泻现象。有人认为抗生素可有效杀菌，甚至连肠道内的益菌也一并除去，这是错误的想法。抗生素并不会杀死肠益菌，但是会扰乱其正常生态，使它的数量减少，给恶菌制造一个更好的生长环境。
当恶菌当道时会出现腹泻，发难的恶菌中，最常见是抗药性高的难辨梭状芽孢杆菌(Clostridium Difficile)，所引起的伪膜性大肠炎(PMC)，其实也常存于泥土中，正常生活中也有机会接触，但这类细菌需大量繁殖才会引发便血、腹泻等问题。
增加肠道蠕动改善肠道问题
人们需要补充益菌吗？这是个见仁见智的问题。正在进行化疗或器官移植的病人，由于免疫系统受抑制，医生多不建议病人服用乳酸菌、双歧杆菌等益菌补充剂。
在医学上，益菌补充未有证明具医药用途，但它可当保健食品，协助食物消化发酵（如部分碳水化合物），进食后最多会引发轻微腹胀（多放屁）等，并无多大副作用。益菌可助食物消化，间接使通便顺畅，可说是减少了食物渣滓中的致癌物质残留在体内的时间。
在饮食上，人们平时应注重低脂高纤，减少煎炸食物，促进大便成形，增加肠道蠕动，才是改善肠道健康的关键。年龄超过50岁者，应每年定期进行肠癌普检，确保肠道健康。
